पूर्व प्रधानमंत्री मनमोहन सिंह को जवाहरलाल नेहरू विश्वविद्यालय (JNU) में 2005 में उनके दौरे के दौरान विरोध प्रदर्शन कर रहे वाम समर्थित छात्रों ने काले झंडे दिखाए थे। इस घटना के बाद विश्वविद्यालय द्वारा छात्रों को कारण बताओ नोटिस भेजा गया और उनमें से कुछ को दिल्ली पुलिस ने हिरासत में ले लिया। हालांकि, एक दिन बाद सिंह ने हस्तक्षेप किया और तत्कालीन कुलपति (VC) बी बी भट्टाचार्य को छात्रों के साथ नरम रहने का सुझाव दिया। सिंह का गुरुवार की रात 92 वर्ष की उम्र में घर पर अचानक बेहोश हो जाने के बाद निधन हो गया। विश्वविद्यालय में अपने भाषण में, जहां वह पूर्व प्रधान मंत्री जवाहरलाल नेहरू की एक प्रतिमा का अनावरण करने गए थे। सिंह ने कहा था, “विश्वविद्यालय समुदाय का प्रत्येक सदस्य, यदि वह विश्वविद्यालय के योग्य बनने की इच्छा रखता है, तो उसे सच्चाई स्वीकार करनी चाहिए वोल्टेयर के क्लासिक कथन की। वोल्टेयर ने घोषणा की ‘आप जो कहना चाहते हैं उससे मैं असहमत हो सकता हूं, लेकिन मैं इसे कहने के आपके अधिकार की रक्षा मरते दम तक करूंगा’। यह विचार एक उदार संस्थान की आधारशिला होना चाहिए।” जेएनयू के एक सेवानिवृत्त प्रोफेसर ने शर्त पर कहा, “छात्रों ने उन पर काले झंडे लहराए। इसके बाद वीसी को पीएमओ से फोन आया और उनसे छात्रों के साथ नरमी बरतने को कहा गया, क्योंकि विरोध करना उनका अधिकार है। इसके बाद छात्रों को चेतावनी के बाद छोड़ दिया गया।” जेएनयू पिछले एक दशक में व्यापक विरोध प्रदर्शन का केंद्र रहा है और 2016 में देशद्रोह विवाद के कारण परिसर में भाषण और अभिव्यक्ति की स्वतंत्रता के बारे में बहस शुरू हो गई थी। भट्टाचार्य ने 2016 में एक इंटरव्यू के दौरान इस घटना के बारे में बताया था। उन्होंने कहा था, “मनमोहन सिंह ने मुझसे कहा था, ‘सर, कृपया नरमी बरतें।’ मैंने कहा कि मुझे कम से कम उन्हें चेतावनी तो देनी ही होगी… लेकिन आज समस्या यह है कि छात्रों के साथ संवाद की लाइनें टूट गई हैं।” जेएनयू के पूर्व छात्र नेता उमर खालिद, जिन पर 2016 में राजद्रोह का मामला दर्ज किया गया था और एक अलग मामले में जेल में हैं, ने भी घटना साझा की थी। उन्होंने 2020 में एक्स (तब ट्विटर) पर एक पोस्ट में कहा था, “2005 में, मनमोहन सिंह को उनकी आर्थिक नीतियों के विरोध में जेएनयू में काले झंडों का सामना करना पड़ा था। यह एक बड़ी खबर बन गई थी। प्रशासन ने तुरंत छात्रों को नोटिस भेजे। अगले ही दिन, पीएमओ ने हस्तक्षेप किया और प्रशासन से कोई कार्रवाई नहीं करने को कहा क्योंकि विरोध छात्रों का लोकतांत्रिक अधिकार था।” उन्होंने कहा, “छात्र प्रदर्शनकारियों की नारेबाजी और काले झंडों का सामना कर रहे प्रधानमंत्री मनमोहन सिंह ने अपने भाषण की शुरुआत वॉल्टेयर को उद्धृत करते हुए की थी: ‘मैं आपकी बात से सहमत नहीं हो सकता, लेकिन मैं इसे कहने के आपके अधिकार की मरते दम तक रक्षा करूंगा।”